تتكون مراقبة المكتبات من الوحدات التالية

1 - قسم بناء المجموعات :
ويختص بما يلي 

وضع خطط بناء المجموعات ومصادر المعلومات وتطويرها .
تلقى ودراسة احتياجات المكتبات الإسلامية حول مصادر المعلومات وتقييم هذه المصادر .
متابعة ورود الكتب والمواد المكتبية ووضع خطط توزيعها على المكتبات وحصر ما لم يرد منها وذلك بالتنسيق مع قسم التجهيزات .
الإشراف الفني على المكتبات وتقويم الجانب الفني لأداء أمناء المكتبات ومساعديهم .
وضع نظم الإعارة الداخلية والخارجية للكتب والمراجع والأوعية الثقافية الأخرى وتحليل إحصائيات الإعارة والمستفيدين من المكتبات الإسلامية .
فحص الكتب والمراجع والدوريات واختيار المناسب منها .
تنفيذ المشاريع المعتمدة لتوفير الكتب والمراجع وغيرها من الأوعية الثقافية .
إعداد الميزانية التقديرية اللازمة لشراء الكتب والمراجع والدوريات والأوعية الثقافية الأخرى .
وضع النظم التي تكفل تيسير استخدام المجموعات المكتبية .
إجراء البحوث والدراسات عن المجموعات المكتبية بالمكتبات بما يدعم دورها إلى جانب تطوير الخدمة المكتبية .
إعداد نشرة المقتنيات السنوية للكتب والمراجع .
دعم وتقوية الصلة مع المكتبات الإسلامية المحلية والعالمية والعمل على تبادل وإهداء الكتب معها .

2 -  قسم الإعداد الفني :
ويختص بما يلي

إعداد ببليوجرافيا موضوعية لكتب المكتبات التابعة للإدارة   .
تصنيف المصادر والمراجع والأوعية الثقافية المختلفة وتوزيعها على المكتبات بالتنسيق مع قسم التجهيزات .
تكشيف الدوريات وتصنيف موضوعاتها حسب أهميتها .
فهرسة المواد الواردة طبقاً للتقنيات الدولية والقواعد الفنية الحديثة مع الاستفادة من الحاسب الآلي في تطوير وتحديث نظم التصنيف .
متابعة كل ما يستجد من قواعد وتعديلات على نظم الفهرسة والتصنيف وتطبيق المناسب منها .
إنشاء وتنمية التصنيف الموحد طبقاً للقواعد الفنية المكتبية الحديثة وتعميم ما يتم إنجازه من هذا التصنيف على المكتبات .
طبع وتجهيز مجموعات البطاقات المفهرسة لتوزيعها على المكتبات .

3 - شعب مكتبات المحافظات :
ويختص بما يلي

تتولى هذه الشعب الإشراف على مكتبات كل محافظة وعلى الأخص تتولى المهام التالية :

المساعدة في حصر احتياجات مكتبات المحافظات من القوى البشرية والمادية والعمل على توفيرها.
الإشراف على الخدمات الإدارية في المحافظات والعمل على تحسين مستوياتها .
اتخاذ الإجراءات لمتابعة الدوام في المحافظات .
المساهمة في تطوير المكتبات وتنميتها وتحسين خدماتها .