تتكون مراقبة المخطوطات من قسمين هما :

1 -    قسم البحث والتصنيف :
ويختص بما يلي :

البحث واقتناء المخطوطات التي تخدم الدعوة الإسلامية وتبرز حضارة الإسلام .
إعداد البيانات والمعلومات عن المخطوطات للتعريف بها .
فهرسة وعمل أرشيف خاص بمحتويات المخطوطات .
متابعة كل ما يستجد من وتعديلات على نظم فهرسة وتصنيف المخطوطات وتطبيق المناسب منها .
توثيق العلاقات مع مراكز المخطوطات العالمية ووضع نظم وقواعد لتبادل وإهداء المخطوطات معها .
وضع النظم الآلية لمصادر المخطوطات والاستفادة من هذه النظم في إثراء مكتبة المخطوطات .

2 -  قسم الحفظ والمعالجة :
ويختص بما يلي :

 حفظ وصيانة المخطوطات الإسلامية .
 القيام بكافة أعمال التصوير والترميم وعمل المصغرات الفلمية .
 تجليد المخطوطات وإعدادها للعرض والاستخدام .
التأكد من استمرارية كفاءة تشغيل الآلات والأجهزة ومتابعة أعمال الصيانة الدورية لها .